In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts entwickelte sich der musikalische Denkmalsgedanke aus dem Bestreben, erhaltswerte Musikalien der Vergangenheit zu bewahren und der Nachwelt in wissenschaftlich zuverlässigen Ausgaben verfügbar zu machen. Angespornt von nationalen (bzw. nationalistischen) Bestrebungen institutionalisierten sich um 1900 in verschiedenen Ländern Editionsreihen, die das musikalische Erbe des jeweiligen Landes dokumentieren sollte.

"Die glanzvolle musikgeschichtliche Vergangenheit Bayerns hat der Gegenwart wissenschaftliche Aufgaben hinterlassen, die zum größten Teil noch ihrer Lösung harren." Mit diesen, den Aufgabenbereich absteckenden Worten des Publikationsleiters Adolf Sandberger begann die Vorrede zum I. Jahrgang (1900) der Denkmäler der Tonkunst in Bayern. Sie erschienen als Folge II der von der Kgl. Preußischen Musikgeschichtlichen Kommission seit 1892 herausgegeben Denkmäler deutscher Tonkunst. Insgesamt 36 Bände konnten in den Jahren bis 1931 vorgelegt werden. Neben älterer Musik waren es dabei vor allem die von Hugo Riemann herausgegebenen Bände mit Werken der sogenannten "Mannheimer Schule", die, auch auf Grund der begleitenden Studien und Werkkataloge, nicht nur fast vergessenes Repertoire erschlossen, sondern auch die wissenschaftliche Beschäftigung mit einer zentralen musikhistorischen Erscheinung in Gang setzten.

Nachdem die bisherige Denkmälerreihe 1931 eingestellt worden war, erschienen die Bände 37 und 38 als sogenannte "Landschaftsdenkmale" im Rahmen der seit 1935 erscheinenden Reihe Das Erbe deutscher Musik Nach den Wirren des II. Weltkrieges wurde erstmals im Jahre 1957 von führenden Vertretern der Musikwissenschaft in Bayern der Gedanke der Begründung einer Veröffentlichungsreihe auf dem Gebiet der Bayerischen Musikgeschichte formuliert. 1959 wurde die seit 1899 existente "Gesellschaft zur Herausgabe von Denkmälern der Tonkunst in Bayern" aufgelöst und die Rechte der Gesellschaft für Bayerische Musikgeschichte übertragen. 1962 konnte ein Vertrag mit dem Verlag Breitkopf & Härtel, der bereits die Alte Folge der Denkmäler publiziert hatte, abgeschlossen werden. 1967 erschien der erste Band der Neuen Folge der Denkmäler der Tonkunst in Bayern. Neben neuen Bänden erschienen seitdem eine Anzahl von revidierten Neudrucken von Bänden der Alten Folge. Als neueste Bände sind im Frühjahr 2002 bzw. 2003 im Rahmen der auf fünf Bände angelegten Ivo de Vento-Gesamtausgabe zwei Bände mit den Deutschen Liedern, hrsg. von Nicole Schwindt, erschienen.